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測序實驗流程：
設計siRNA靶序列
在制備siRNA 前都需要單獨設計siRNA序列.研究發現對哺乳動物細胞,*有效的siRNAs是21-23個堿基大小、3’端有兩個突出堿基的雙鏈RNA；而對非哺乳動物，比較有效的是長片段dsRNA。siRNA的序列專一性要求非常嚴謹，與靶mRNA之間一個堿基錯配都會顯著削弱基因沉默的效果。
1.  選擇siRNA靶位點
從轉錄AUG起始密碼子開始，搜尋下游AA序列，記錄跟每個AA 3’端相鄰的19個核苷酸作為候選的siRNA靶位點。有研究結果顯示GC含量在30%-50%左右的siRNA要比那些GC含量偏高的更為有效。Tuschl等建議在設計siRNA時不要針對5'和3'端的非編碼區（untranslated regions,UTRs），原因是這些地方有豐富的調控蛋白結合區域，而這些UTR結合蛋白或者翻譯起始復合物可能會影響siRNP核酸內切酶復合物結合mRNA從而影響siRNA的效果 
2.  序列同源性分析
將潛在的序列和相應的基因組數據庫（人或者小鼠、大鼠等等）進行比較,排除那些和其他編碼序列/EST同源的序列。例如使用BLAST（ www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/）選出合適的目標序列進行合成.并非所有符合條件的siRNA都一樣有效,其原因還不清楚，可能是位置效應的結果,因此對于一個目的基因，一般要選擇3-5個靶位點來設計siRNA。
3.  設計陰性對照
一個完整的siRNA實驗應該有陰性對照，作為陰性對照的siRNA應該和選中的siRNA序列有相同的組成，但是和mRNA沒有明顯的同源性。通常的做法是將選中的siRNA中的堿基序列打亂。當然，同樣要保證它和其他基因沒有同源性。
合成模板
1.  合成編碼 shRNA的DNA 模板的兩條單鏈，模板鏈后面接有RNA PolyIII聚合酶轉錄中止位點，同時兩端分別設計 BamH I 和 Hind III 酶切位點，可以克隆到 siRNA 載體多克隆位點的 BamH I 和 Hind III 酶切位點之間。
2.  95℃，5 min，緩慢退火， DNA 單鏈得到 shRNA 的 DNA 雙鏈模板。
連接與轉化
1.  將100 μl感受態細胞于冰上解凍。
2.  取5 μl連接產物加入到感受態細胞中，輕輕旋轉幾次以混勻內容物，在冰上放置30分鐘。
3.  將管放入預加溫到42℃的水浴中，熱激90秒。快速將管轉移到冰浴中，使細胞冷卻1~2分鐘。
4.  每管中加700 μl LB培養基，37℃振蕩培養1小時，進行復蘇。
5.  室溫4 000 rpm離心5分鐘，棄去上清后，用剩余100 μl培養基重懸細胞并涂布到含抗性的LB瓊脂平板表面.注意：細胞用量應根據連接效率和感受態細胞的效率進行調整。
6.  將平板置于室溫直至液體被吸收。
7.  倒置平皿，于37℃培養，12~16小時后可出現菌落。
注意事項
1. 從轉錄本（mRNA）的AUG起始密碼開始，尋找“AA”二連序列，并記下其3’端的19個堿基序列，作為潛在的siRNA靶位點。有研究結果顯示GC含量在30%—50%左右的siRNA要比那些GC含量偏高的更為有效。
2. 將潛在的序列和相應的基因組數據庫（人，或者小鼠，大鼠等等）進行比較，排除那些和其他編碼序列/EST同源的序列。
3.  選出合適的目標序列進行合成。通常一個基因需要設計多個靶序列的siRNA，以找到*有效的siRNA序列。
4.  一個完整的siRNA實驗應該有負對照，作為負對照的siRNA應該和選中的siRNA序列有相同的組成，但是和mRNA沒有明顯的同源性。通常的做法是將選中的siRNA序列打亂，同樣要檢查結果以保證它和其他基因沒有同源性。